1. Jedes Spiel, das Streetpass unterstützt, bietet Dir eine Aktivierung an. Damit meldet es sich quasi beim System an. Wenn das System andere Systeme per Streetpass "trifft", tauschen sie untereinander die Daten für alle Spiele aus (oder filtern es vorher). Jedenfalls wird abgeglichen, wo es Übereinstimmungen zwischen Deinen und den Spielen des anderen mit aktivieren Streetpass gibt und dann werden die Daten quasi in den "Posteingang" dieses Spiels abgelegt. Der Posteingang hat eine feste Größe, die Dir unter anderem in den Mitteilungen angezeigt wird. Ist sie erreicht, kannst Du niemanden mehr treffen (ob man Dich treffen kann, weiß ich gerade nicht, ich glaube aber schon).
Der Posteingang bleibt aber solange befüllt, bis Du diesen in den Spielen explizit abrufst. Meistens wird vorher gespeichert und dann abgerufen. Bei Pokémon z.B. musst du dafür den Holo-Log öffnen. Bei Animal-Crossing gehst Du zur Einkaufsmeile und sprichst mit dem "Wächter" der Musterstadt.

2. Bei McDonald's gibt es WLANs, mit denen sich der 3DS automatisch verbindet. Solltest Du die Nintendo Zone noch nicht im Systemmenü als Icon haben, wird es spätestens dann auftauchen und blau leuchten. Die Nintendo Zone wird für Bonusaktionen genutzt, wie Du schon richtig herausgefunden hast.
Zusätzlich fungieren sie als Streetpass-Relay. Sprich: Man geht dort vorbei und trifft andere Leute, die auch da waren. Sie müssen nicht zur selben Zeit da sein, sondern einfach nur da gewesen sein (wie lange das vorgehalten wird, weiß ich nicht).
Es ist schon so, dass Du Dich mit dem AP verbinden musst, um die Miis abzurufen, da dafür die Nintendo Server notwendig sind. Wie bereits gesagt, passiert das automatisch, wenn Dein WLAN aktiv ist und kein anderes Netz, das Du selbst eingestellt hast, in der Nähe ist. Soweit ich mich gerade erinnere kann man dann Miis aus ganz Deutschland treffen. Das hat bei mir jedoch bisher nicht geklappt oder es waren einfach keine da. Du wirst es wohl anhand der Bundesländer herausfinden, die die Miis in der Streetpasslobby angeben.

3. Das kann durchaus einen Unterschied machen. Bei der Pokémon Democode-Verteilung gab es massiv Probleme bei den Leuten, die zuhause saßen. Anders gab es bei der Verteilung von Items für Animal Crossing keine Probleme. Ich weiß nicht, wie genau Nintendo die McDonald's Filialen auseinander halten kann, aber es könnte theoretisch die Möglichkeit geben, dass Nintendo einzelne MAC-Adressen ausschließt oder für Aktionen heranzieht. Wie das funktioniert, kann ich Dir nicht sagen.