Das liegt daran, dass dein SysNAND jedes Mal den Zustand zurücksetzt. Du musst deinen SysNAND formatieren (SD-Karte vorher rausnehmen), dann bist du das Problem los.
Ich habs gerade auch nicht ganz im Kopf, aber ich meine, man kann auch seinen EmuNAND formatieren.

Ja, so sehe ich das aus.
Bitte seh aber erst mal nach ob alles geht. Ich glaube zb das wenn du nicht zuvor mit dem linked nands in den store gehst die chance steigen kann einen error später zu bekommen.

Nein, man muss seinen SysNAND formatieren ums die NAND`s unzulinken.

Ich hatte das Problem damals auch mit meinem O3DS.
Via gbatemp: So how do I avoid unwrapping CIA games every time I boot emunand?

1. SD-Karte entfernen
   
2. SysNAND starten
   
3. System formatieren (er will Online irgendetwas prüfen, aufmerksam lesen (!), nicht dass sie dich zu einem Sysupdate zwingen, was an der Stelle bescheuert wäre)
   
4. Nach dem Reboot den Einrichtungskram durchmachen
   
5. SD-Karte wieder rein und den 3DS seine Daten anlegen lassen
   
6. Exploit einrichten/Prüfen (WLAN, whatever)
   
7. SysNAND nie wieder anfassen. (mache ich zumindest so: 3DS an, direkt den Exploit ausführen, und ab dann läuft er im EmuNAND, bis ich ihn ausstelle)
   

Wenn du nach Schritt 5 alles richtig gemacht hast, liegen auf deiner SD-Karte jetzt im Verzeichnis 3DS 2 Ordner mit Buchstabensalat als Namen. Der größere davon gehört zu deinem ehemaligen NAND und jetzt arbeitet nur noch der EmuNAND damit. Der andere enthält die gerade erstellten Systemdaten.

Nach dem "Unlinken" von SysNAND und EmuNAND musst du einmal noch die Geschenke auspacken und fortan bleiben sie dann auch ausgepackt.

/edit
Nagel mich nicht darauf fest, aber ich las gerade wieder zufällig auf gbatemp, dass man den EmuNAND formatieren kann, um die NANDs zu unlinken. Wobei das auf der anderen Seite ziemlich blöd ist, weil der 3DS dann auch die SD-Karte leeren möchte, auf der gerade ein Bereich als NAND gemappt ist. Damit löscht man also unweigerlich alles mögliche vom SysNAND, was der auf der SD-Karte abgelegt hat.

Also: Lieber SysNAND formatieren.

Also ich gehöre zu den Menschen die Nands noch linked haben. das Problem erledigt sich von "selbst" wenn man via coldboot direkt in den Emunand bootet die Nachteile von linked nand greifen bei mir eher weniger da ich den coldboot nutze, eshop benutzen usw geht ohne Probleme da ich meinen Sysnand kaum bzw gar nicht mehr benutze.

dafür kannst du keine shuffle Custom themes benutzen ;P

echt warum hab ich dann 7 stück im emunand und coldboot via menuhax???
hust, chhm2-mod von einem freundlichen user hier aus dem Forum. hust

Oh, kenn ich gar nicht - dann gibt es wirklich kaum einen grund^^

aber wie hast du das gelöst das dein 3DS coldbootet aber sich nicht in einer boot-schleife fängt?
oder drückst du immer einen knopf?

nein coldboot ohne taste drücken. durch den chhm2-mod von hartie glaube hieß der user, werden die Shuffle aktiviert aber der main theme Status (themehax) im sysnand nicht überschrieben da der Emunand meist neuere fw hat als der sysnand ignoriert der Emu das systheme und lädt nur die Shuffle-themes. Vorteil ist noch dazu siehst du dein theme nicht bist du im sysnand.
gbatemp.net/threads/howto-menuhax-on-linked-nands.403441/