welche version von a9lh verwendest du denn?
Hört sich an sich richtig an was du gemacht hast.

deine SD sollte auf jedenfall so aussehen(was sie auch scheint):
SD->
arm9loaderhax.bin (bootanim9)
luma (+ unterordner von Luma)
anim->
arm9payload.bin (Lumas arm9loaderhax.bin)
0->
anim

Falls du eine Version von a9lh ohne Screen init nutzt, kannst du auch mal meinen BootCTR9 Port in der aktuellsten dev version testen, BootCTR9 hat Screen init eingebaut, und in der neusten dev version auch Boot Animationen für den oberen Bildschirm. Die aktuellste dev version ist im arm9loaderhax research thread auf gbatemp, könnte einen Link raussuchen wenn du das testen willst, und dir schnell ne test config zusammen bauen.

Also die Luma 3DS.dat kannst du ignorieren, und auf welche version von arm9loaderhax hast du denn geupdated, gibt da mehrere, einmal die Hauptversion von delible, den mod für bootctr9, mindestens eine ohne screen init, und noch ein paar andere.

Wenn du die arm9bootloader.bin von boottr9 meinst, die kann an mehrere Orte, einmal in den root der sdkarte, oder ein einen von mehreren Ordnern auf der SD Karte(unter anderem a9lh und ar9loaderhax), das selbe würde für die .ini configurations Datei von boortcr9.
wie gesagt, wenn du willst kann ich dir eine Beispiel Konfiguration für den Aufbau der Dateien von bootanim9 machen.

Also einmal währe hier die neuste Dev version von BootCTR9, falls du sie noch nicht gefunden hast
gbatemp.net/threads/arm9loader…537/page-200#post-6342417
Und im Anhang ist eine Beispiel ini.so lädt für luma die animation /anim/0/anim und lädt den payload /anim/arm9payload.bin
Außerdem gibt hast du eine Sekunde Zeit die Taste zu drücken, um den Payload auszuwählen den du starten möchtest.
Ein paar Beispiele sind dafür in der Configuration, an denen kannst du dich orientieren um etwas wie Uncard oder Decryp9 hinzuzufügen.

Edit: Falls es nicht klappt, aktiviere in der Configuration mal das File logging, dann können wir besser schauen was das Problem ist.

zumindest so wie es gerade eingestellt ist, wenn du die Pfade in der Configuration anpasst, dann kannst du auch z.b. den Ordner a9lh verwenden.
Dort könntest du dann die arm9bootloader.bin, boot_config.ini, den Lumapayload und die animation reinpacken, dann müsste nur die arm9loaderhax.bin von BootCTR9 im root der SD-Karte sein

Außerdem musst du den Pathchanger nicht mehr verwenden wenn du die neuste dev version von BootCTR9 verwendest, weil das Patchen direkt im Speicher des 3DS gemacht wird, zumindest wenn es aktiviert ist(für den Fall das du den Post dazu nicht gelesen hast )

Also das hängt davon ab, den Bootloader werde ich regelmäßig als dev Version in dem Thread veröffentlichen, und updates für a9lh werden dort im Normalfall auch gepostet.

Die Dev Versionen haben im Normalfall auch kaum Bugs, weil ich sie vorher immer erst gründlich auf meinem o3ds und n3DS teste. Theoretisch könnte ich die meisten dev Releases auch als normale Release veröffentlichen, aber ich tue mich damit halt schwer, weil ich ja immer was übersehen haben kann, und es deswegen lieber von Leuten als unstable testen lasse xD

Man musst auch nicht für jedes Feature(zumindest nicht wenn man meinen Bootloader verwendet) die komplette a9lh installation updaten, denn solche Sachen wie Screen Init und der gleichen aktualisiere ich im Normalfall in meinem Bootloader, weil ich verhindern will, das man häufiger etwas außerhalb des Payloads auf der SD Updaten muss. Schließlich gibt es, auch wenn es gering ist, immer ein Risiko bei solchen Aktionen, egal ob es wegen eines Nutzer Fehlers, oder einem verstecktem Bug ist.
Werde übrigens als nächstes glaube ich die arm9bootloader.bin in die arm9loaderhax.bin integrieren, dann brauch man die arm9bootloader.bin nur noch für meinen a9lh fork.

Edit: und ja, für das Updaten kannst du dann den safea9lhinstaller nutzen, aber z.B. in dem Haupt a9lh gibt es nun einen eigenen updater, den man auch verwenden kann.