darfst du schon - es könnte sein das dann einige Apps nicht mehr funktionieren

Völliger Quatsch. Wenn du n Update ziehst stubbt die Wii nur IOS weg und ersetzt das Wii-Menü. Das Einzige was passiert ist, dass vieles nicht mehr geht und die IOS neu installiert werden und der Priiloader muss auch neu installiert werden.

Priiloader ist wohl keine App ?

Nein, Den Priiloader würde ich nicht als normale "App" bezeichnen. Der Priiloader wird ins System installiert, an die Stelle an die das Systemmenü gehört, also ziemlich tief, und wenn du jetzt sagst dass "nur" einige Apps nicht mehr laufen denkt der unerfahrene Nutzer nicht unbedingt an den Priiloader, sondern an den Kram den er im HBC sieht. Ein Nintendo-Update einer Wii mit Softmod macht quasi den ganzen Softmod kaputt / rückgängig und bringt null Vorteile.

Lass das Update einfach bleiben, bzw. wenn dich die Meldung stört, schau mal, ob du den Priiloader hast (beim Start der Wii RESET gedrückt halten), damit kann man die Meldung deaktivieren (Hacks -> Block Update oder so). Wenn nicht, würde ich den installieren.