Gesoftmoddet ist gesoftmoddet. Da kannst du zwar versuchen deine Wii U durch ein Reset zurückzusetzen, dass bringt aber nichts, da einge Infos im NAND tief versteckt sind. Diese liest Nintendo auch aus und kommt dir auf die Schliche.
Was ist dem mit der Wii U, dass du die Garantie in Anspruch nehmen musst?

Es bleibt für immer dort.
Du kannst zwar eventuell den Großteil entfernen, dass es nicht auffällt, wenn Nintendo nicht explizit danach sucht. Wenn die WiiU aber z. B. wegen eines Softwarefehlers eingeschickt wird und die wirklich explizit nach Homebrew suchen, finden die auch Reste bzw. Logs.

Es bleibt immer eine Restspur über. Also kannst du nur das "Offensichtliche" löschen.

Mag sein, dass die Garantie flöten gegangen ist, aber die Gewährleistung müsste dennoch greifen.

Die kannst du aber nach 6 Monaten meist in die Tonne treten, da du dann nachweisen musst, dass ein Fehler schon beim Kauf vorlag.

Da kannst du sagen was du willst, von deiner Seite aus stichhaltig nachweisen kannst du es nicht. Und dann wird Nintendo im Zweifelsfall die Wii U auslesen und etwas entdecken

Früher ging auch mal durch die Runde, dass Nintendo auch noch richtig Kohle einklagt wenn sie Spuren vom Softmod entdecken bei eingeschickten Wiis. Es verstößt ja gegen die Vertragsbedingungen und keine Ahnung was noch

Nix "einklagen". Die haben angeboten, gegen Zahlung eines unverhältnismäßig hohen Betrags die Konsole trotzdem zu reparieren.

Und wann hat man bitte einen "Vertrag" mit Nintendo geschlossen wenn man einfach nur ne Konsole kauft?
Homebrew ist ja nicht illegal, also kann Nintendo höchstens die Garantie streichen.

Bitte was?
Die Daten sind auf der SD Karte und werden nicht an Nintendo gesendet. Das einzige was passiert ist, dass es ggf. auf der Pinwand auftaucht. Die Daten die für Nintendo interessant sind, liegen ganz tief im System. Ich bin sogar der Meinung, dass diese nicht auf dem NAND gespeichert sind, sondern noch mal in einem separaten Bereich bei der Wii, weil sonst würde ja ein frisches NAND die Spuren ja verwischen.
Ich denke mal mehr kann da @Crypto zu sagen.

Sie liegen im NAND. Aber selbst beim Wiederherstellen passiert ja noch was - die Wii könnte ja z. B. loggen, dass das Systemmenü (nach erfolgter Wiederherstellung) von einem nicht autorisierten Titel (Bootmii) aufgerufen wurde.

Ergo: Alle Software-Spuren kriegt man nur mit Infectus weg. Dann hat man aber Hardware-Spuren. Auch nicht besser.

Wenn man mit Bootmii das zurückflasht und dann die Konsole ausschaltet, dann gäbe es keine Spuren. Das ist jedoch hinfällig, da man ja bei der vWii eh nicht mit Bootmii arbeiten kann.

Ich hatte damals zu Release von Smash Bros Brawl meine Wii einschicken müssen, da ich kein kompatibles Laufwerk für die Dual Layer DVD's hatte. Zu der Zeit hatte ich sogar einen Modchip drin (den ich nichtmals verwendet hatte aufgrund fehlender Sachkenntnisse). Bei der Reparatur MUSS einer der Mitarbeiter den Chip gesehen haben aber als ich die Konsole zurück bekam war der Chip immermoch vorhanden. Natürlich haben sie das Laufwerk auch ersetzt.
Ich würde mir also keine Sorgen machen und außerdem: wie oft geht eine WiiU schon kaputt?

Du musst dir eigentlich keine Sorgen machen, über Garantie hatte ich mir auch Anfangs Gedanken gemacht, aber nach 1 1\2 Jahren läuft das Ding noch so wie am ersten Tag(mehr oder weniger). Außerdem hab ich so noch keine Wii U gesehen, die im Laufe der Zeit irgendwelche Hardwareschäden bekommen hat.

Viel wahrscheinlicher ist, dass das Gamepad kaputt geht, und das kriegst du ja wahrscheinlich auch noch repariert

Kommt drauf an. Wenn mit der WiiU mal was ist, kann man sie ja erstmal einschicken. Wenn die dann was finden, kann man immer noch überlegen, was günstiger ist.