Gamecube-Spiele laufen meines Wissens nach nur von FAT32. Windows kann Platten größer 32GB nicht in FAT32 formatieren (wohl aber lesen und benutzen) also müsstest du irgendein anderes Programm dafür nehmen z, B. den FAT32Formatter: heise.de/download/product/fat32formatter-50072

Doch, auch Wii-Spiele laufen von einer FAT32-Partition ohne Probleme.

an meiner normalen Wii habe ich eine 2TB externe Platte dran, die durch den USB-Anschluss mit Strom versorgt wird.

bei Wii-Spielen auf FAT32 musst man nur schauen, dass diese, wenn sie größer als 4GB sind, aufgesplittet werden. Das würde der USB Loader automatisch machen.

Zweite Möglichkeit: USB Loader unterstützt mehrere Partitionen. Du kannst also eine FAT32-Partition für GC-Spiele haben und eine weitere Partition für die Wii-Spiele.
Muss man in den HDD-Einstellungen vom Loader glaube ich nur einmal aktivieren (also das mehrere Partitionen)

Die Größe der Platte ist egal, aber die Wii nutzt maximal 2TB. Wenn du also ne größere Platte als 2TB nutzt dann bleibt der Rest leer.

An einer WiiU sind Platten ohne externe Stromversorgung immer verdammt schwierig, da die WiiU relativ wenig Strom an den USB-Ports liefert. Bei manchen Platten kannst du da mit einem Y-Kabel Glück haben (zieht sich dann Strom aus zwei Anschlüssen), aber ich würde bei der WiiU trotzdem eher ne Platte mit eigener Stromversorgung empfehlen.

Mit dem Classic Controller geht es glaube ich und mit dem Gamepad. Nintendont hat Support dafür. Klappt nach meiner Erfahrung auch relativ gut.

Der WiiU/Switch USB adapter für GC Controller geht auf jeden fall auch im fall Nintendont (sowohl an der WiiU als auch mit family edition wiis und der wii mini via hub)
WiiU Pro Controller funktioniert meines wissens nach auch, habe ich aber nicht selbst getestet.

//Edit: War da nicht auch was von wegen Clustergröße auf 32kb stellen für gc?